במשרד הבריאות טוענים, כי מעבר לא מסודר להפעלת מערכות אספקת המים מאספקה ישירה ע"י הרשויות, לאספקה על ידי תאגידים יעודיים, גרמה לבעייתיות בבדיקות האיכות בחלק מהמקומות.
"נראה כי הסיבה העיקרית לתופעה זו קשורה בשינוי שחל בשנים האחרונות בניהול משק המים העירוני – מעבר מניהול בתוך הרשות המקומית לאחריות של תאגידי מים וביוב – מעבר שלא תמיד נעשה בצורה מסודרת, ותפקוד מערך הדיגום השגרתי נפגע", נאמר בדו"ח לשנת 2009.
"ברב הרשויות רמת הביצוע מלאה (67.3% מהרשויות), ומעל 83% מהרשויות דוגמות מעל 90%. עם זאת, רמת הביצוע דורשת שיפור ב – 25 רשויות, ואינה תקינה ב – 18 רשויות מקומיות, בעיקר במחוז הצפון וחיפה", מוסיפים במשרד.
עם זאת, במשרד מציינים כי רמתן הכללית של הבדיקות טובה, "בשנת 2009 85,781 מהבדיקות (99.74%) עמדו בדרישות התקנות, ורק 223 בדיקות (0.26%) הצביעו על זיהום. ברוב הלשכות התקבלו שיעורי דגימות חריגות נמוכים מ – 0.5%, פרט לנפות צפת וחדרה בהן התקבלו 1.1% ו-0.8% חריגות בהתאמה".