לפני כחצי שנה הורה היועה"מ וינשטיין לפתוח בחקירה נגד הרב אליהו, בחשד לפרסום הסתה לגזענות בעקבות פסק הלכה האוסר על יהודים למכור או להשכיר דירות לערבים.
דברי הרב קיבלו משמעות חריפה יותר, כשהתראיין בזמנו לכלי התקשורת, ואמר: "התרבות הערבית היא אכזרית מאוד", "ברגע שאתה נותן מקום לערבי בתוכנו, לוקח לו חמש דקות להתחיל לעשות מה שהוא רוצה" ו"יהודי לא צריך לברוח מהערבים. יהודי צריך להבריח ערבים".
כאמור, לאחר בדיקות מעמיקות בענין, פרסמה הפרקליטות הודעה ובה נאמר: "בתום בחינה מדוקדקת של הראיות שנאספו בחקירת המשטרה", קבעה הפרקליטות שיתכן והיה פער בין הדברים שאמר הרב אליהו לבין מה שפורסם.
"לא ניתן לשלול את האפשרות כי התבטאויות אלה נערכו ושונו והן אינן משקפות את דבריו של הרב בצורה מלאה ומדויקת", נכתב בהודעת הפרקליטות.
ההחלטה על סגירת התיק התקבלה בשמחה בקרב מקורבי הרב, שאף ציטטו בשמו שמכאן ואילך יידע כל רב בישראל כי עליו לומר את כל מה שבהלכה, ללא פחד ומורא מאיש.
יצויין, כי כשהתפרסמו הדברים שלכאורה אמר הרב נגד השכרת דירות לערבים, הסתייג הרב בפומבי נגד גזענות, ואמר כי מדינת ישראל מחויבת לכל אזרחיה, וגישה זו מעוגנת גם בתורה.