בית הכנסת האר"י הספרדי נזכר במקורות כבר בשנת 1522 כאחד משלושה בתי כנסת בצפת. המתחם ההיסטורי כלל את בית הכנסת עצמו וחצר סגורה בצידו הצפוני המוקפת קיר גבוה ולאורכו ספסל. החצר גבלה מצפון בבית משפחת סימנה, מבנה הנמצא כיום במצב של הרס והזנחה מתקדמים ודורש אף הוא טיפול דחוף. צמוד לכותל הדרומי של המבנה נבנה גרם המדרגות דרכו ירדו לחצר בית הכנסת מהרחוב העליון.
{phocamaps view=map|id=1}
המטרה העיקרית של העבודות היתה שיקום ושימור של החזית הצפונית בלבד, זאת בשל המגבלות התקציביות. עקב פגיעה פיזית ובליה מתמשכת, לצד פגיעה ביד אדם, מצב החזית התדרדר וחייב התערבות מהירה.
השאיפה לשמור על אופיו של בית הכנסת ועל האותנטיות של החזית הכתיבה תכנון מוקפד ושימוש בחומר ושיטות בניה הדומים ככל האפשר לאלו בהם נעשה שימוש במקור. הקו המנחה היה החלפה מצומצמת של אבנים מקוריות, רובן מעוטרות.
במרץ 2005 ביצע תחום שימור ברשות העתיקות סקר ותיעוד של המפגעים בחזית הצפונית של בית הכנסת. במאי אותה שנה הוחל, לאחר אישור מלא של התוכניות ע"י עיריית צפת, בשיקום ושימור החזית.
הטיפולים הדרושים כללו בעיקר שימור ושחזור אבן בהיקף מצומצם, הסרת מפגעים כגון צבע שמן כחול מהאבנים, צמחיה וחלקי בטון ומתכת שהוצמדו לחזית.
במסגרת העבודות בוצע גם שחזור של הקיר ההיקפי ההרוס וספסל הישיבה וכן, רוצפה חצר בית הכנסת באבן מחדש.
ביולי 2005 הסתיימו עבודות השימור בחזית וכן הושלמו בניית הקיר ההיקפי וריצוף החצר אולם, מפגעים סביבתיים גרמו להופעת סדק גדול על פני החזית. עקב כך נגרמו נזקים חמורים למספר אבנים, בחלקן אבנים חדשות ששובצו במהלך עבודות השיקום במקום בו היו אבנים עתיקות שנדרשה החלפתן.
בימים אלו נעשים מאמצים לאתר את המקור המדויק לבעיה ע"מ למנוע הדרדרות מצב החזית.