האר"י נולד בירושלים, ולאחר פטירת אביו בעודו ילד, עבר לגור במצרים במחיצת דודו, שם התקבל ללימודים בישיבת הרדב"ז. מאוחר יותר למד בישיבתו של רבי בצלאל אשכנזי בקהיר.
במשך שש שנים התבודד האר"י על גדות הנילוס ושם למד את רזי הקבלה מספר הזוהר שהגיע לידיו מאחד האנוסים שיצאו מספרד. האר"י התעלה במדרגות הקדושה, ואף זכה לגילוי אליהו הנביא, שהורה לו לעלות לארץ ישראל ולהתיישב בצפת. כשהגיע האר"י לצפת, היתה זו עיר מלאה בתלמידי חכמים, בה התרכזו גם מקובלים רבים ובראשם הרמ"ק – רבי משה קורדובירו.
לאחר פטירת הרמ"ק ביקשו התלמידים מהאר"י הקדוש שינהיגם וידריכם בחכמת הקבלה. לאחר הפצרות רבות נאות האר"י לקבל על עצמו את התפקיד.
האר"י חי ופעל בצפת שנתיים בלבד עד פטירתו בגיל 38, אך בזמן קצר זה הספיק לפעול גדולות בגילוי רזי הקבלה. כיום הכינוי 'מקובל' מתייחס בעיקר לאדם הלומד את כתבי האר"י.
עיקרי הדברים שלימד האר"י מצויים בספרי תלמידיו הנקראים 'גורי האר"י', ובראשם תלמידו המובהק והמסור רבי חיים ויטאל.
האר"י מפורסם כמי שאמר ש"מותר ומצווה לגלות זאת החכמה". בראותו את ירידת הדורות מבחינה רוחנית, הקנה חשיבות עליונה להפצת חכמת הקבלה וללימוד פנימיות התורה. לימוד אשר יעצב ויגבש את התודעה הרוחנית היהודית כהכנה לגאולה.
האר"י נהג לצאת יחד עם תלמידיו לשדות, ולקבל את השבת בשירה ובזמרה. באותה תקופה חיבר רבי שלמה הלוי אלקבץ את השיר 'לכה דודי' המבוסס על קבלת הרמ"ק. השיר צורף לסדר קבלת השבת, ועד היום הוא מתנגן אצל כלל ישראל בליל שבת.
מסופר כי פעם כשיצא האר"י עם תלמידיו לקבל את השבת בבגדים לבנים, פנה אליהם ואמר: "תלמידי, בואו ונקבל את השבת בירושלים". לשמע דבריו ענו רוב התלמידים: 'הננו ונעלה', אך מיעוטם אמרו: "נלך תחילה ונודיע לנשותינו".
בשומעו את דבריהם הפטיר האר"י בצער: "אילו כולכם הייתם אומרים בשמחה 'הננו ונעלה', היתה הגאולה באה, אך עתה הוחמצה השעה ועברה עת הרצון. אוי לנו שלא היתה לנו זכות להגאל".
יום ההילולא של האר"י הקדוש, החל בה' אב (26/07/09), משמש יום עליה לרגל לציונו (מקום קבורתו) הנמצא בבית העלמין העתיק בצפת. בסמיכות למקום קבורתו נמצא גם מקווה האר"י. מקווה האר"י הנו מעיין הנובע מבטן האדמה. המקווה ידוע בשל סגולתו לפעול ישועות ונפלאות לכל הטובל במימיו.