מבקר המדינה מצא, כי במכללה הצפונית קיימת מערכת מורכבת של קשרי משפחה וקשרים עסקיים בקרב אחדים מחברי מוסדות המכללה, מנהליה, עובדיה וספקיה . עוד הוא כותב, כי חלק מחברי המל"ג שהשתתפו בישיבות הנוגעות לניהול המכללה נמצאו תחת חשש של ניגוד עניינים
למרות שלידי ות"ת (הועדה לתכנון ותקצוב במועצה להשכלה גבוהה) ורשם העמותות הגיעו במשך השנים תלונות על ניגוד עניינים ועל ליקויים מינהליים במכללה האקדמית בצפת, אלה לא נקטו את הפעולות הדרושות כדי לברר אותן עד תומן ולא נקטו את מלוא הפעולות המתחייבות מהממצאים שהעלו בבדיקותיהם. כך קובע מבקר המדינה, השופט בדימוס מיכה לינדנשטראוס, בסיכום פרק שהוקדש למכללה הצפונית, במסגרת דו"ח מיוחד על ההשכלה הגבוהה בישראל.
ממצאי הדו"ח מעלים, כי קיימת במכללה מערכת מורכבת של קשרי משפחה וקשרים עסקיים בקרב אחדים מחברי מוסדות המכללה, מנהליה, עובדיה וספקיה, היוצרים חשש לניגוד עניינים ולפגיעה בסדרי מינהל תקין. "המכללה לא מסרה לות'ת ולרשם העמותות דיווח מלא ומדויק על כל הקשרים המשפחתיים והעסקיים הקיימים בה", כותב המבקר, שלא חוסך שבטו גם מהגורמים שהיו אמורים לפקח על הנעשה במכללה – המל"ג, ות"ת ורשם העמותות.
